处理员工非正常离职不发工资问题时，需注意以下特殊情况对结果的影响：1、员工非正常离职致用人单位经济损失。如未交接工作导致文件丢失、生产中断等，造成实际损失的，单位可依合同或法律要求赔偿，赔偿费用可从工资中扣除，但剩余工资不得低于当地月最低工资标准，影响员工实际所得。2、用人单位因破产、解散等无法支付工资。员工离职后，单位若进入破产清算或解散程序，无足够资金支付工资时，员工工资将作为破产债权清偿，受财产数量等因素影响，可能无法全额领取。3、双方达成特殊书面工资协议。离职后若双方就工资支付（如分期、减免）达成书面协议，且为真实意思表示、不违反法规强制性规定，该协议对双方有约束力，工资支付将按协议执行，改变正常一次性付清的方式。
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判断员工非正常离职不发工资是否合法，可依据相关法律法规明确：《中华人民共和国劳动法》第五十条规定：“工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。”《工资支付暂行规定》第九条规定：“劳动关系双方依法解除或终止劳动合同时，用人单位应在解除或终止劳动合同时一次付清劳动者工资。”员工非正常离职属于劳动关系解除或终止情形，其正常劳动期间的工资单位有义务支付。“非正常离职”并非单位克扣或拖欠工资的法定理由，只要员工离职前有实际工作，单位就应按实际工作时间和合同约定标准支付工资。因此，单位不发工资的行为违反上述法律，不合法。
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员工非正常离职后单位不发工资，可能存在以下法律风险点：1、劳动仲裁与诉讼风险。员工离职后单位拒付工资，员工申请劳动仲裁或诉讼，单位需承担支付工资及赔偿金的后果。例如，某员工擅自离职，单位拒发当月工资，仲裁裁决单位支付实际工作天数的工资。2、员工证据不足难全额追讨工资。员工离职时若未妥善保管劳动合同、工资条、工作时间记录等证据，争议时可能无法充分证明工资标准和工作时间，导致仲裁或法院按较低标准（如单位认可标准或最低工资）计算工资，无法全额追讨。
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员工非正常离职不发工资是否合法，需结合具体情况判断：总体而言，单位不发工资不合法。若员工未提前通知擅自离职，单位仍需支付实际工作期间工资，不得因离职方式克扣全部工资；若员工离职致单位经济损失，单位可依合同要求赔偿，每月扣除赔偿额不超过当月工资20%，剩余部分低于最低工资标准则按标准支付；若双方就工资支付时间有合法特殊约定，单位应按约定支付但不得无故拖欠。

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